Двенадцать лет назад до начала основных событий, гигантский девятихвостый лис атаковал Коноху — деревню Наруто. Ради спасения деревни, четвёртый Хокагэ — вождь деревни — запечатал дух этого лиса внутри ребёнка по имени Наруто. Хокагэ умер, став героем своей деревни, желая, чтобы люди считали Наруто героем тоже. Но, к сожалению, для большинства Наруто — девятихвостый лис, поэтому они ненавидят его. Их дети не знают его секрет, но тоже ненавидят, как и их родители.
Главная мечта основного персонажа — Наруто — стать самым лучшим ниндзя в своём селении, то есть Хокагэ. На пути к этой мечте стоит множество преград: окружающие, которые не признают Наруто и презирают его, скептически настроенные одноклассники, учителя, считающие его самым худшим учеником из возможных. Со временем к этому списку добавляются и враги, настроенные весьма решительно. Но Наруто не сдаётся и своими поступками умудряется переубедить всех, в том числе и зрителей.